菌肥，顾名思义就是菌+肥，菌肥就是各种有益微生物和肥料的混合体。
二、微生物菌肥的种类
1、按成分分：活菌+载体复合微生物肥料、活菌+化肥生物有机肥、活菌+有机肥
2、按功能分：根瘤菌菌剂、菌根菌剂、解磷类微生物菌剂、固氮菌菌剂、光合细菌菌剂、硅酸盐微生物菌剂、、有机物料腐熟剂、促生菌剂、生物修复菌剂等。
三、菌肥的作用
菌肥的主要作用，是由活菌决定的。活菌活动，对植物和土壤均有益处。
1、菌肥中的微生物，会产生大量赤霉素和细胞激素类等物质，这些物质接触植物根系，会刺激植物营养生长，从而达到增产效果。
2、有益菌在植物根系大量繁殖，减少了病原的入侵和繁殖机会，也可以通过分泌物杀死病菌，从而保护植物根系，增加抗病性。比如放线菌会产生抗生素把微生物杀死。
3、通过微生物活动，土壤有机质可不断释放出植物所需的营养元素，微生物菌把有机态的氮磷钾变成无机态的，利于植物吸收，减少化肥施用，达到肥效持久的目的。
4、微生物可疏松土壤，减少土壤板结，有利于保水、保肥、通气和促进根系发育，为农作物提供适合的微生态生长环境。
四、菌肥注意事项
1、忌暴晒，存储放置时，一般15-28℃较适宜。
2、使用时不要直接施用在土壤表面，土壤温度一般在10-40℃，含水量在50-70%时肥效较好，即见干见湿的土壤湿度最为适宜。大部分菌剂都不喜欢酸性环境。
3、菌肥不是肥料，不可以取代化肥或有机肥，亦不可混用，也不要和没腐熟的农家肥一起用；菌肥只能防病，治病效果有限，且不能和杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫化肥（如硫酸钾、稻草灰）等混用。
4、多种生物菌肥不宜同时使用，更不应经常更换使用不同种类的生物菌。
5、施入时间要早，做基肥比较好。深度要合适，要和根系的深度接近。
五、菌肥价格决定因素
微生物的成本应该由三部分组成：有效功能菌、载体和其他添加物菌。
1、有益菌：不同的生物菌因其保存、扩繁需要的条件不同，也造成有益菌价位的不同。比如促进发酵的菌种价格便宜，而木霉菌、多粘类芽孢杆菌等菌种，对生产工艺、生产设备要求较高，因而成本大，价格贵。
2、有机质：有机质的原料不同，成本不同，自然有机肥的价格也就不同。有机物原料很多，如：城市污泥、畜禽粪便、湖泊沉积物、秸秆、豆粕、粮食下脚料等都是可以做有机肥的原料；另外，生物有机肥中的有机物，还必须能够满足有益菌的生存，才可以将肥效发挥到最好。
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